Kostel Nejsvětější Trojice byl vystavěn za Jiřího Bořity z Martinic a jeho manželky Elišky Bruntálské z Vrbna v goticko renesančním slohu. Vysvěcen byl v roce 1587. V průčelí je krásný renesanční portál se znaky zakladatelů. Oltář v hlavní lodi chrámu je od sochaře Ignáce Platzera, velký obraz Nejsvětější Trojice namaloval pražský malíř Antonín Towara.
Podle písemných svědectví se již ve 12.století v několika českých chrámech hrálo na varhany. Na prvním místě je jmenována katedrála sv.Víta v Praze, v níž se během staletí vystřídala celá řada varhan. Mezi nimi prosluly tzv. Fedinandovy varhany, které v roce 1757 padly za obět pruskému ostřelování Prahy. Smečnu se naštěstí většina válečných hrůz vyhnula. Díky tomu se ve zdejším kostele Nejsvětější Trojice mohly dochovat renesanční varhany, patrně z roku 1587. Tento nejstarší varhanní nástroj v Čechách lze dobře datovat podle erbů na renesanční skříni. Během 18. a 19.století doznal nástroj řadu zásahů. V roce 1990 byla zahájena rekonstrukce nástroje varhanářským mistrem Dušanem Doubkem. Rekonstrukce potvrdila, že většina píšťal je opravdu renesančních. Smečno tedy drží jasný primát nejstarších českých varhan.
V kostele se konají varhanní koncerty renesanční hudby především v přednesu Michala Novenka, významného českého varhaníka a skladatele, profesora pražské konzervatoře.